Juhatus
Finantsinspektsiooni tegevust juhib ja korraldab juhatus. Juhatuses on neli liiget, kelle nimetab ametisse ja kutsub tagasi nõukogu. Finantsinspektsiooni juhatusse kuuluvad Kerstin Pilt (esimees), Andre Nõmm, Andres Kurgpõld ja Gerd Laub.

Juhatus otsustab muu hulgas:
- tegevuslubade väljaandmise ja kehtetuks tunnistamise,
- ettekirjutuste tegemise,
- haldussunnivahendite kohaldamise,
- erakorralise audiitorkontrolli või ekspertiisi määramise,
- moratooriumi või erirežiimi kehtestamise ning nendega seotud toimingute tegemise,
- pankrotiavalduse, hagiavalduse või muu seda laadi avalduse esitamise kohtule.
Ülalolev nimekiri ei kehti pangandussektori kohta. Eesti suurimad pangad kuuluvad Euroopa Keskpanga järelevalve alla. Tegevuslubade andmise ja kehtetuks tunnistamise ning olulise osaluse omandamisega seotud otsused langetab Euroopa Keskpank kõikide Eestis tegutsevate krediidiasutuste puhul.
Finantsinspektsiooni nõukogu
Finantsinspektsiooni tegevust kavandab ja juhtimist kontrollib Finantsinspektsiooni nõukogu. Nõukogu koosneb kuuest liikmest, kellest kaks on liikmed ametikoha järgi: rahandusminister ja Eesti Panga president. Kaks Finantsinspektsiooni nõukogu liiget nimetab ja kutsub tagasi rahandusministri ettepanekul valitsus ning kaks liiget Eesti Panga presidendi ettepanekul Eesti Panga nõukogu. Finantsinspektsiooni nõukogu esimees on ametikoha järgi rahandusminister. Nõukogusse kuuluvad:
- Jürgen Ligi, rahandusminister
- Madis Müller, Eesti Panga president
- Veiko Tali, Eesti Panga asepresident
- Joel Kukemelk, nimetatud Eesti Panga nõukogu poolt (alates 1. oktoober 2025)
- Ardo Hansson, peaministri majandusnõunik
- Evelyn Liivamägi, Rahandusministeeriumi asekantsler
Nõukogu:
- kinnitab Finantsinspektsiooni juhatuse ettepanekul inspektsiooni tegevuse strateegia,
- kinnitab juhatuse ettepanekul Finantsinspektsiooni eelarve ja lisaeelarve ning teeb rahandusministrile ettepaneku järgneva eelarveaasta järelevalvetasu mahuosa määra kohta,
- kinnitab juhatuse ettepanekul Finantsinspektsiooni struktuuri kujundamise ja töö tasustamise alused,
- nimetab ametisse juhatuse liikmed ja valib nende hulgast juhatuse esimehe ning kutsub juhatuse liikmed tagasi,
- otsustab juhatuse esimehe ja liikmetega ametilepingu sõlmimise, muutmise ja lõpetamise,
- kinnitab juhatuse esimehele ja liikmetele makstava ametitasu ja lisatasu suuruse ning nendele kohaldatavad sotsiaalsed garantiid,
- kinnitab juhatuse esitatud Finantsinspektsiooni aastaaruande.